渠务署雇用约2 000名员工，包括1 840名常额编制人员和160名合约人员。其中300人为专业人员，1 100人为技术及一般职系人员，其余600人为前线及直属员工。部门分为四个科别运作，计有设计拓展科、操作维修科、机电工程科和污水处理服务科。每个科别由一名助理署长主管。环保管理委员会由渠务署副署长担任主席，负责制订和检讨部门的环保政策及环保目标。此外，委员会亦负责监察部门在实现环保目标方面的表现，以及加强员工在环保方面的意识和鼓励他们身体力行保护环境。委员会还包括每个综合管理系统的管理者代表或副管理者代表，负责在有关系统内推行和监察环保政策。此外，由助理署长级人员担任的环保经理在一名高级专业人员和部门行政部的协助下，负责监察和统筹日常的环保事务。

渠务署为了维持和加强部门的环保工作表现，在2006年开始发展涵盖部门各个工作范畴的七个环境管理系统。该七个环保管理系统涵盖总部、操作维修科、污水处理服务科、污水工程及排水工程部、顾问工程管理、工程管理及净化海港计划部、污水处理部1及2，以及机电工程部。我们在顾问公司的协助和员工全力支持下，在2007年11月获得ISO 14001环境管理系统七张个别的证书和一张企业证书。ISO 9001和ISO 14001综合管理系统有助我们以符合环保的方式提供优质的服务。

《清新空气约章》是由商界发起的一项改善香港和珠江三角洲空气质素的措施。在支持《清新空气约章》的工作方面，渠务署在2007年年初成立了一个能源及排放管理小组。小组由一名总工程师率领，并包括每个科别的高级专业代表，负责在我们所有的工作范畴，推动节约能源和减少排放空气污染物的措施。